哥斯拉登陆香港，摧毁了港岛和九龙繁华的商业区，离开了。之后东京潜艇队路上因为隧道的机械主轴不断融化发生了事故。哥斯拉上的冷却系统被破坏，使得哥斯拉中的核分裂并迅速活跃，变成了会走路的核工厂。与此同时，东京水族馆发生了一起神秘事件，水族馆里的鱼离奇死亡。经过研究，发现是一些地层生物——生活在2亿多年前的德西亚造成的。在隐没之心，临海，自卫队派出冰冻战车迎接未知生物——迪西亚和哥斯拉。这时候哥斯拉的体温终于达到了1200百度，有可能引发一场全人类灭亡的核爆炸...